Фильм начинается с того, что они отдыхают в прибрежном городе, на который нападают силы Империи, главные герои бегут из города на своей субмарине по дороге спасая дочь капитана Немо. После бегства попадают в плен, их захватывает огромная подводная лодка Наутилус, спасенная девушка возвращается к своему отцу Немо.

Немо борется против сил Империи, в память о своей погибшей жене, которой ему пришлось пожертвовать ради освобождения Земли, когда они были вынуждены работать на захватчиков, капитан знает координаты древнего затонувшего города, где находится технология атлантов, которая поможет победить захватчиков.

Герои долго не могут свыкнуться со своим пленом, но в итоге вливаются в экипаж Наутилуса и начинают сражаться с Империей.

После одного из боев субмарина вынуждена встать на ремонт рядом с тропическим необитаемым островом, часть команды отдыхает, часть занимается ремонтом. В это время их находят силы Империи и нападают на Наутилус. Часть команды погибает и Немо отправляется на подводное кладбище, где главные герои находят могилу жены капитана. Помню там трогательная сцена с крестом под водой.

Наутилус сильно поврежден, но все равно продолжает плыть к своей цели, подводный город близко, но их в очередной раз выслеживают силы Империи и на этот раз путь к цели закрывает огромный подводный линкор Императора. Немо жертвует собой и своим кораблем, ради спасения дочери.

Главные герои с дочерью Немо приплывают в затонувший храм, там они активируют технологию Атлантов (толи бомбу под затонувшим городом), которая уничтожает флот императора и его огромный линкор (помню там вылетели огромные колоны с морского дна).

Когда вышло:

Это полнометражное аниме, 80х - 90х годов, помню смотрел еще на кассете в переводе Володарского, но это не точно.

Нашел несколько топиков где ищут это аниме:

- https://www.reddit.com/r/anime/comments/6opqhg/underwater_submarine_anime/

- http://forum.minitokyo.net/t45232

Нет, это не:

- Надя с загадочного моря
- Full Metal Panic!
- Подводная лодка 707
- Подводная лодка Super 99
- Волна ярости (Soriton no Akuma)
- Тихая служба
- Синий прилив
- Подводная лодка № 6 (Голубая субмарина №6)
- Рассвет Марса
- Арпеджио вороненой стали (Arpeggio of Blue Steel)
- Летающий корабль-призрак
- Конан — Мальчик из будущего
- Порко Россо
- Ван-Пис
- Реал Драйв
- Поньо на утёсе
- Гаргантия на просторах зелёной планеты
- Безоблачное завтра
- Радости рыбалки
- Необъятный океан
- На твоей волне
- Дети моря
- Лазурный путь (Azur Lane)
- Флотская коллекция (Kantai Collection)
- Синева океана (Tide-Line Blue)
- Чёрная лагуна
- 20000 лье под водой