В человеческом организме найден сверхраспространённый вирус, о котором мы не знали до сегодняшнего дня
Учёные только что заявили об открытии нового, невероятно распространённого вируса, который живёт внутри человеческих кишечных бактерий. Он получил название «crAssphage» и почти в шесть раз более распространён, чем все остальные бактериальные вирусы вместе взятые. Но как мы сумели не замечать его столько времени?
Причина того, что мы не нашли crAssphage раньше, заключается в том, что мы и не знали, что его надо искать. Вот что это означает.
Хотя новые технологии секвенирования становятся всё более быстрыми и дешёвыми, они по-прежнему имеют одну слабость: они хороши для обнаружения вещей, о существовании которых мы уже знаем, но они плохо подходят для поиска новых организмов. Когда исследователи изучают органический образец, они получают суп из фрагментов ДНК всех живых существ, имеющих отношение к этому образцу – бактерий, вирусов и самого человека. Затем эти фрагменты необходимо собрать в последовательности, которые мы можем идентифицировать. Если мы обнаруживаем цепь, специфичную для генома некоторой бактерии – значит, мы нашли эту бактерию в образце.
Проблема же заключается в том, что если мы ещё не знаем последовательности неизвестного нам вируса – мы не можем его обнаружить с помощью этой техники. А фактически, автор нового исследования crAssphage Бас Датил сообщает, что им неизвестны почти 75 процентов ДНК-последовательностей в изученных ими образцах.
Найти новый вирус команда Датила смогла, применив совсем другой подход, основанный на простой идее: фрагменты, которые раз за разом встречаются в одном и том же образце, с большой долей вероятности являются частями одного генома. Они использовали технику так называемой кросс-сборки для идентификации одной такой группы повторяющихся последовательностей в образцах, взятых у 12 людей. Затем они собрали эти последовательности в единый геном.
И получили именно это: вирус crAssphage, названный так в честь техники кросс-сборки (cross-assembly), которая привела к его открытию. Они установили, что crAssphage живёт внутри Bacteroides – распространённой группы бактерий, обитающих в нашем кишечнике.
В результате исследований, команда обнаружила crAssphage в 75% кишечных последовательностей людей в США, Европе, и Южной Корее. Мы пока не знаем, что именно делают эти фаги в нашем кишечнике, но они совершенно точно играют некую роль в нашей кишечной микробной экосистеме.
И напоследок занимательный факт: учёные подсчитали, что в нашем теле примерно в 100 раз больше вирусных частиц, чем собственно человеческих клеток. Так что нам предстоит ещё много работы, чтобы выяснить, чем мы являемся на самом деле.
