После смерти Илая Вэнса сопротивление с трудом переживает потерю, но все-таки находит силы сражаться / anon

После смерти Илая Вэнса сопротивление с трудом переживает потерю, но все-таки находит силы сражаться дальше, хоронит своего лидера и отправляется к заточенному во льдах кораблю «Борей». Гордон и Аликс отбывают вместе на самолете, а еще одна команда отправляется вслед за ними на другом транспорте.

Понятное дело, самолет Гордона разбивается. После попыток получить координаты «Борея» команда добирается до возведенного комбайнами центра по изучению корабля. Сам «Борей» является затерянным среди измерений, и точные коориданты его прибытия определить пока не удается.

Гордон и Аликс решают найти способ попасть на Борей, но оказываются задержаны доктором Брином — вернее, существом, несущим сознание Брина. Когда оно узнает, что настоящий Брин погиб во взрыве Цитадели, то просит героев закончить его жизнь — что они и делают. Затем герои находят заточенную в клетку Джудит Моссман, с которой у Аликс начинается целая истерика: она обвиняет Моссман в убийстве ее отца, а та в защиту твердит, что с самого начала была двойным агентом.

Тем не менее, все трое добираются до координат, где ожидается прибытие «Борея». Моссман удается материализовать корабль на небольшой промежуток времени, которого хватает, чтобы Гордон и Аликс поднялись на его борт — как и штурмовая группа комбайнов. Находясь на корабле, герои встречают различные сцены из разных временных периодов серии Half-Life. Наконец, они узнают, что экипаж корабля создал устройство телепортации под названием Bootstrap.

Когда комбайны атаковали и захватили Землю, экипаж принял отчаянное решение отправить корабль в самую далекую точку планеты, им известную, которая оказалась за полярным кругом. При этом «Борей» перенесся не только в пространстве, но и во времени, чего экипаж так и не понял. После всех открытий, сделанных на борту корабла, Гордон, Аликс и Моссман не могут прийти к общему решению, что делать дальше: Моссман настаивает на том, чтобы доставить корабль сопротивлению, Аликс же хочет в память об отце сдержать данное ему слово и уничтожить «Борей».

Начинается ссора, в результате которой Аликс убивает Моссман. После этого Гордон и Аликс отправляются в командный центр комбайнов на борту корабля, вооруженного подготовленной ими временной ракетой. Перед Аликс внезапно появляется Джи-мэн — впервые для нее — и уводит за собой. За мгновение до взрыва, который должен уничтожить комбайнов, появляются вортигонты и отправляют Гордона в будущее.

В этом будущем Гордон оказывается с группой ученых. Он не признает большинство членов исследовательской группы, но некоторые еще помнят его. Игроки так и не узнают, что именно произошло в этом будущем, и история заканчивается так же необъяснимо, как и раньше.