Верить люди могут хоть в плоскую землю, но строительство культовых сооружений на территории в/ч намекает на не слишком светский характер власти. Если верующим в армии без пастыря не прожить, пусть их обслуживают дистанционно в частном порядке или устраивают выездные сессии.
Возможно, есть смысл сетовать на размах сооружения. Но в Европе в больницах, например, часто можно встретить комнаты для молитвы типа мини-часовни (не знаю, как их правильно называют). Я согласен с твоим вторым комментом, но не вижу ничего плохого в том, чтобы давать возможность молиться даже в в/ч, в каком-нибудь специализированном месте, типа отдельного помещения, отведенного под эти церковные дела.